Научная библиотека Томского государственного университета открылась в 1888 году одновременно с университетом. Основателем библиотеки является Василий Маркович Флоринский − врач и писатель, устроитель Томского университета, первого на территории Сибири и Дальнего Востока, и попечитель Западносибирского учебного округа.

В формировании обширного по численности и уникального по составу первоначального фонда библиотеки огромную роль сыграли российские меценаты, ученые, писатели, общественные деятели. В основу библиотеки легли книжные собрания Г. А. Строганова, С. М. Голицина, В. А. Жуковского, А. В. Никитенко и др. Первым вкладом в библиотеку был дар графа А. Г. Строганова, который в 1875 г. дал согласие В. М. Флоринскому, служившему в Министерстве народного просвещения и знавшему о проекте создания университета в Сибири, передать в дар будущему университету родовую библиотеку своего отца в составе 22 626 томов.